Un tabernacle (photo de gauche) surmonte l'autel à baldaquin du 14ème siècle, situé à la croisée du transept. Il renferme les reliques des chefs de Saint Pierre et Saint Paul.

A droite, les mosaïques de l'abside datent de 1884 mais incluent des parties originales du 13ème siècle.

Le plafond de la nef est en bois sculpté du 16ème siècle (photo de droite) il est marqué aux armes des papes et a été réalisé par Taddeo Landini.

A gauche, la Confession (crypte sous un autel) qui renferme le tombeau du pape Martin V.