Gymnadenia pyrenaica, assez haute et grêle, est en quelque sorte une plante intermédiaire entre Gymnadenia conopsea et Gymnadenia odoratissima. Son parfum est aussi agréable et puissant.

Les fleurs, de taille intermédiaire aussi, portent en général un lobe central plus long que les lobes latéraux.

L'éperon est effilé et atteint une longueur d'environ 4/3 de celle de l'ovaire.

La période de floraison est assez courte de juin à juillet.