Epipactis helleborine subsp. minor est une plante plus petite et plus frêle qu'Epipactis helleborine subsp. helleborine avec une tige plus sinueuse, des feuilles plus étroites, plus jaunâtre et plus molles. Les fleurs sont moins nombreuses et plus espacées, plus petites et moins colorées.

Le rang de sous-espèce de ce taxon n'est pas reconnu par tous, d'ailleurs, il a d'abord été décrit par son auteur en tant que Epipactis helleborine var. minor ENGEL 1984. Des plantes proches d'Epipactis helleborine subsp. helleborine mais d'allure plus chétive ont été signalées dans plusieurs départements, mais leurs différences, notamment dans l'habitat, pose question quant à leur rattachement à ce taxon.

A la différence de l'espèce-type, Epipactis helleborine subsp. minor, s'accomode de sous-bois sombres plutôt que de lisières plus lumineuses et fleurit environ trois semaines plus tard.