Ophrys santonica est une plante relativement élancée portant de petites fleurs très colorées avec un périanthe rose et un labelle assez court, souvent bordé d'une marge jaune, trilobé avec des gibbosités marquées. L'appendice est bien développé et dirigé vers l'avant.

Ce taxon rappelle Ophrys scolopax bien que ses fleurs soient nettement plus petites et s'épanouissent plusieurs semaines plus tard, la floraison s'étendant de fin juin jusque parfois mi-août.