Dans un monde imaginaire, la société Shinra exploite l'énergie de la Terre nommée "Mako" . Elle pompe cette source grâce à sept réacteurs.

  Un groupe de mercenaires écologistes, ayant pour projet de sauver la planète, décide de faire sauter ces réacteurs un par un. Pour cela, la troupe de résistance Avalanche, dirigée par Barret ,engage un ex-soldat de la Shinra Inc., Clad.

 Cette mission accomplie ,Clad retrouve Tifa ,son amie d'enfance, puis lors de la seconde tentative ,il va rencontrer Aeris ,une marchande de fleurs.

  Au cours de son aventure, Clad va rencontrer d'autres personnes, va voyager dans le monde entier mais il va aussi faire face à ses souvenirs et va devoir traquer le puissant Sephiroth , homme sanguinaire qui refait surface afin de dominer le monde avec Jénova, sa mère...