Tokyo, 2001. Le jour où le sort de la Terre sera décidé est proche. D’un côté, les Dragons du Ciel ou 7 Sceaux souhaitant protéger la Terre et de l’autre les Dragons de la Terre ou 7 Anges qui désirent détruire l’humanité pour purifier la Terre.

 L’histoire commence lorsque Shirô Kamui, un jeune garçon de 15 ans, retourne à Tokyo d’où il était parti avec sa mère 6ans auparavant, afin de mettre la main sur l’épée divine. Kamui possède un pouvoir extraordinaire comme tous les Dragons du Ciel et de la Terre mais ce qu’il ne sait pas c’est que de sa décision découlera l’avenir de la Terre. Il se rend à Tokyo afin d’accomplir les dernières volontés de mère, morte dans les flammes de son ancienne maison, à savoir aller à la rencontre de son destin. Dès son arrivé, il subit des agressions mais parmi tout ce qui lui arrive ce qui va changer le cour de l’histoire est le fait qu’il retrouve ses amis d’enfance Monô Fûma et sa sœur Kotori. Pendant ce temps les acteurs de la guerre qui se prépare s’activent et ainsi le Dragon du Ciel Arisugawa Sorata arrive à prendre contact avec Kamui et essaye de le rallier à sa cause. Il rencontre alors la princesse Hinoto, la liseuse de rêve, qui lui dévoile une partie de l’avenir qui lui est réservé. Malgré cela, Kuzuki Kakyô qui est un autre liseur de rêve prétend qu’un seul avenir est possible. Vérité ou Mensonge ? En tous les cas les membres des 2 clans sont au complet et l’épée divine du sanctuaire Togakushi est dérobée, Kamui doit faire son choix. C’est alors que sa tante, la sœur de sa défunte mère, se présente à lui apporte quelques conseil avant de mourir en enfantant une deuxième épée divine. De son côté, le gardien du sanctuaire qui était le père de Fûma et de Kotori décède en disant à son fils qu’il est l’étoile jumelle de Kamui. Qu’est-ce que cela signifie ? Amis ou ennemis ? Toujours est-il que le jour approche, le jour où Kamui devra faire son choix. Aller avec les Dragons du Ciel, capables de former de grandes barrières appelées Kekkai, et protéger la Terre ou bien aller avec les Dragons de la Terre et œuvrer pour la purification de la Terre ? Voudra t-il protéger le monde dans lequel vit celle qu’il aime  ou bien le détruire pour une meilleure renaissance ? Seul lui peut en décider.