Il y a différentes sortes de clones aux missions différentes.

Il y a les Tueurs (Chasseurs de primes) comme l'Homme aux Cheveux Gris ou le tueur E.T., dont la mission est d'éliminer les clones ou les aliens qui s'opposent au Projet.

(voir 2X16 Colony, 2X17 Endgame et 6X19 The UnNatural)

Les clones font partie du plan de colonisation de la Terre. Lorsqu'ils lancèrent le Projet, à la fin des années 1940, les Colonisateurs envoyèrent deux membres de leur espèce sur la Terre pour préparer leur arrivée. Une première étape fut la création de clones qui furent répartis sur la surface du globe, principalement dans des cliniques/maternités.
Pour l'étape suivante, la création d'un hybride parfait humain/alien, ils eurent besoin de tissu humain et l'implantation des clones dans les cliniques permit l'utilisation "discrète" d'embryons humains avortés.
(voir 2X16 Colony, 2X17 Endgame et 4X14 Memento Mori)

On n'a pas cru au début que les deux espèces étaient compatibles, puis un moyen fut trouvé. Mais les expériences furent sabotées par les colonisateurs. Ils prirent pour prétexte une dégradation de leur propre patrimoine génétique. La vérité c'est que les clones avaient commencé à se révolter contre contre leurs créateurs et contre l'idée d'anéantir les humains.
Les clones voulaient en outre, grâce à l'hybridation, mettre un terme à leur identité physique et supprimer toutes leurs similitudes. Un Chasseur de primes fut envoyé sur Terre pour éliminer la colonie de clones et préserver le Projet contre les rebelles. On crut un moment que tous les clones avaient été supprimés.
(voir 2X16 Colony et 2X17 Endgame)

Il s'agit des deux "familles" de clones : les médecins-jumeaux (les Grégors) et les multiples Samanthas. Ils furent tués avec un stylet plantés dans la nuque. Leur sang est vert et toxique pour les humains. Ils sont "élevés" dans des cuves (aquariums) et sont généralement déjà hybridés avec de l'ADN humain. (cf. 1X23 The Erlenmeyer Flask et 2X16 Colony)

Puis on découvrit rapidement que d'autres sortes de clones existaient, qui servaient à d'autres aspects du projet :

L'un de ceux-ci est la variante Jeremiah Smith (voir 3X24 Talitha Cumi). Il fut conçu comme drone de surveillance ou collecteur d'informations et il possédait la faculté de changer de forme et de guérir. Il avait donc atteint un stade d'évolution supérieur aux clones précédents. Les Jeremiah Smith furent implantés dans les caisses de Sécurité Sociale, organismes supervisant le programme d'éradication de la variole. Leur position leur permit d'accéder aux registres de vaccination de la population américaine (et mondiale) au début des années 1950 (cf. 3X02 Paper Clip, 3X24 Talitha Cumi, 4X01 Herrenvolk et 8X14 This is not happening). Mais les Jeremiah Smith se tournèrent aussi contre les colonisateurs et s'opposèrent au Projet. Ils furent éliminés par le Tueur E.T.

Un autre aspect du plan concerne les élevages d'abeilles qui porteront le venin (huile noire) devant contaminer la population. Les abeilles sont élevées par des clones très peu développés, ayant la stature d'enfants de 8-10 ans. Ils sont muets et n'effectuent que des actions simples et répétitives (peut-être des prototypes de Kurt Crawford, voir plus bas). Comme Jeremiah Smith les a montrés à Mulder, le tueur E.T. les a tués eux aussi et les abeilles ont été déménagées discrètement ailleurs (en Tunisie). Des images satellites sont néanmoins en possession des nations Unies.
(cf. 4X01 Herrenvolk, 4X21 Zero Sum et le film Fight The Future).

Dans 4X14 Memento Mori, nous découvrons l'avant-dernier type de clone : les Kurt Crawford. Ils furent conçus pour surveiller les cellules cultivées au Laboratoire de Recherche Lambard. Les Crawford sont eux-mêmes issus de telles cellules et sont une preuve supplémentaire des progrès effectués dans la fabrication d'un hybride parfait. Mais comme les autres clones, les Crawford sont opposés à la colonisation de la Terre et ils témoignent d'un grand respect pour les femmes enlevées qui pourraient bien être leurs mères (Betsy Hagopian, Penny Northern ou Dana Scully).
C'est pourquoi il n'est pas absurde que l'un d'eux appartînt au MUFON et s'occupe des femmes enlevées. Mais un tueur à gages du gouvernement (l'homme aux cheveux gris) fut envoyé pour éliminer Kurt Crawford. ce tueur pourrait être aussi un E.T.

Enfin Emily, dont le sang est vert, est sûrement un clone (issu de l'ADN de Scully), mais son utilisation prévue reste inconnue.
(voir 5X06 Christmas Carol et 5X07 Emily).