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Cette question pose finalement le problème des rapports de la taxinomie à la structure ou plus généralement du rapport du local au global ou encore des parties au tout, questions au coeur des problèmatiques philosophiques actuellement débattues sur la complexité ( Edgar Morin). Une taxinomie ne produit en effet que des éléments séparés (une série) et même si l'on est parfaitement instruit du fonctionnement de chacun de ces éléments elle n'apporte rien sur la totalité. En effet, l'ensemble des parties n'a rien de commun avec le tout. On traduit cette constatation en disant que les propriétés du tout sont émergentes vis à vis de l'ensemble des propriétés des parties. La comparaison avec la chimie s'impose encore ici : le chlore et le sodium n'ont rien de commun avec le chlorure de sodium, notre prosaïque sel de cuisine. Seule une "structure" (dans cet exemple un type de relation induit par le mode relationnel -la valence- de chacun des atomes de chlore et de sodium), c'est-à-dire une configuration de relations entre les parties produites par l'analyse peut rendre compte de cette émergence.
Certains commentateurs ont voulu réduire la sémiotique telle qu'elle est exposée dans l'oeuvre de Peirce à une taxinomie sans avenir. Ils n'ont pas vu, ce que Peirce avait entrevu ,à savoir que les relations nécessaires entre catégories phanéroscopiques inpliquaient des relations nécessaires entre classes de signes qui, de facto, configurent les éléments résultant de l'analyse (voir pages suivantes).
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