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La classification
Phylogénétique est un système de classification systématique
des êtres vivants. Elle remplace la classification traditionnelle basée sur des
traits Phénotypiques et des préférences
nutritionnelles. Une des grandes évolutions de l'approche phylogénique est que
cette classification bouleverse les classifications fixistes comme celle
développées par Linné. La classification binomiale de Linné était basée sur
l'adage que toutes les espèces sont apparues en même temps et que celles-ci
étaient fixes. Alors que la classification phylogénétique illustre les
principes d'évolution et de parenté des espèces.
2.
PRESENTATION DE
La
classification Phylogénétique
fut initiée par Willi Hennig en 1950, qui révolutionna ensuite toute la
systématique à partir de la fin des années soixante. Les caractères anatomiques
des êtres vivants furent alors analysés différemment, rejoints bientôt par les
caractères moléculaires. La classification phylogénétique est un système de
classification des êtres vivants d'abord fondé sur ce que les êtres vivants ont
(au niveau morphologique comme au niveau moléculaire), et non pas, en première
instance, sur ce qu’ils n’ont pas (on évitera alors « invertébrés »)
ou sur ce qu’ils font (on évitera alors « vivipares »,
« fouisseurs »).
Elle
regroupe les êtres vivants sur un type particulier de ressemblance, celles des
ressemblances qui sont évolutivement innovantes au sein de l'échantillon
d'espèces à classer. Elle s'oppose en cela à la classification phénétique qui ne trie pas la
ressemblance et fait des classements à partir de la ressemblance globale. Elle
remplace la classification traditionnelle basée sur une foule de critères.
La classification phylogénétique ne valide que des groupes Monophylétiques, quels que soient les caractères utilisés, moléculaires, morphologiques, anatomiques, génomiques. Les caractères utilisés pour construire un arbre phylogénétique n'est valable que si celui-ci est un caractère Apomorphe partagé par au moins deux Taxons. (Un caractère apomorphe est un caractère ancestral qui a été transformé). Ces caractères apomorphes partagés sont des Synapomorphies Seules les Synapomorphies (ou caractère dérivé) caractérisent un Clade ou groupe monophylétique. Un groupe Monophylétique (ou Clade) est un groupe comprenant un ancêtre (ou nœud) et tous ses descendants
La
systématique Phylogénétique
dans sa version moderne rejette toute catégorisation des niveaux hiérarchiques.
Pour des raisons pratiques l'arbre du vivant donne lui-même la hiérarchie que
tentaient de fournir les anciennes catégories. L'arbre du vivant est, en effet,
un ensemble de points de branchement. Chaque niveau est assimilé à un Taxon. Un Taxon est un regroupement
d'organismes défini par un ensemble de Synapomorphies.
Les points ou nœuds sont obligatoirement un organisme théorique qui possèderait
les Synapomorphies des nœuds
postérieurs dans le Cladogramme. Si cet
organisme est découvert (fossiles ou autres) un nouvel arbre doit être
construit. À terme, si l'arbre restitue la totalité des relations de parenté,
tous les branchements devraient être binaires. Le sens des dichotomies n'a rien
à voir avec la sexualité, car l'arbre n'est pas une généalogie ("qui
descend de qui"), mais reflète uniquement un pouvoir explicatif maximal de
l'arbre : un arbre totalement dichotomique réussit à restituer toutes les
relations de parenté ("qui est plus proche de qui"). La systématique
moderne prend en compte tous les caractères héritables, depuis ce qui est
visible (anatomie et morphologie, base de la classification traditionnelle)
jusqu'aux séquences d'ADN et d'ARN, en passant par les protéines et les
données de la paléontologie.
L'arbre
est obtenu à partir de nombreux critères et fait appel à des algorithmes complexes.
Des algorithmes différents peuvent donner des résultats différents. Dans ce cas
celui qui répondra le plus aux critères de Parcimonies
sera retenu. C'est à dire l'arbre demandant le minimum de transformation de
caractères. La classification actuelle est continuellement remaniée en fonction
de nouvelles informations.
La première
hiérarchie est donc composée de trois domaines:
-Archéobactéries
-Eubactéries
-Eucaryotes
3.
DIFFERENCES AVEC L’ANCIEN
SYSTEME
Citons
enfin quelques exemples de changements spectaculaires par rapport à la classification traditionnelle.
- Tous les ancêtres des dinosaures
sont aussi des ancêtres des oiseaux, ce qui amène à considérer ceux-ci
comme les descendants d'un groupe de petits dinosaures volants vivants au crétacé.
(Le concept de « reptile » est abandonné.) Les plus proches
parents des cétacés seraient les hippopotames. (Le
concept d'"artiodactyles" est abandonné.)
- Les plus proches parents vivants des
oiseaux sont les crocodiles.
- Les poissons osseux sont plus proches
des mammifères que des requins. (Le concept de
« poisson » est abandonné.)
- L'ancien groupe des « algues »
explose en tous sens, certaines étant groupées avec les plantes
vertes, d'autres avec les bactéries.
- Le concept de « protiste »
est abandonné, au profit de groupes pouvant mélanger êtres
multicellulaires et monocellulaires (par exemple les straménopiles
regroupent les algues brunes - dont les kelp, jusqu'à
- La division entre Procaryotes et
Eucaryotes est abandonnée, au profit de la division en trois du vivant.
4.
ARBRE PHYLOGENETIQUE DU
VIVANT
5.
CLASSIFICATION DES
VEGETAUX
5.1.
ARBRE PHYLOGENETIQUE DES VEGETAUX
Les Eucaryotes (du
grec eu, vrai et caryon, noyau) constituent un des trois domaines
du Vivant (avec les archéobactéries
et les eubactéries). Ce sont des êtres vivants unicellulaires ou pluricellulaires
constitués de cellules contenant chacune un noyau vrai. Les eucaryotes
possèdent, par opposition aux procaryotes (archéobactéries et
eubactéries) :
- Des Organites,
divisant l'espace cellulaire en zones dont la fonction est définie, tels
le Noyau (contenant l'ADN), les Mitochondries, le Réticulum endoplasmique , l’ Appareil de Golgi
les Lysosomes, les Peroxysomes, les Chloroplastes et Vacuoles chez les
plantes ;
- un Cytosquelette,
composé essentiellement d'actine et de myosine ;
- la faculté à réaliser l'Endocytose .
- un ADN divisé et compacté en
chromosome lors de la division cellulaire.
- une division cellulaire appelée mitose
(faisant intervenir centrioles et fuseau mitotique).
- une véritable sexualité, où chaque
type sexuel apporte une part égale de matériel génétique.
Classiquement, les eucaryotes étaient subdivisés en 4 règnes : Animalia,
Fungi, Plantae et Protista. Si les trois premiers pouvaient avoir une
définition précise il n'en était pas de même pour le règne des protistes qui
comprenait « tout ce qui n'était pas » animal, végétal ou champignon.
Au cours des
dernières années les progrès en « systématique » permettent, bien que
tout ne soit pas connu, d'esquisser un arbre phylogénétique des eucaryotes.
L'une des dernières synthèses francophones en date est celle proposée par
Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader dans Classification phylogénétique du vivant paru aux éditions Belin.
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Opisthochontes |
· Champignons · Métazoaires |
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Les Opisthochontes constituent un groupe
d'eucaryotes regroupant des organismes apparemment très divers. Le
rapprochement de ces taxons (dont les eumycètes, ou champignons, et les
métazoaires, ou animaux) est assez récent. Elle est basée sur l'étude de
plusieurs gènes analysés séparément, ce qui confère à l'existence des opisthochontes une certaine fiabilité.
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|
Clitocybe nébuleux (Clitocybe nebularis) |
o Chytridiomycota o Zygomycota o Ascomycota o Basidiomycota |
Le
règne
des mycota (fungi ou encore mycètes) n'est autre que celui des Champignons.
Dans
la langue française, le mot champignon
peut prêter à confusion. En effet, ce que nous appelons couramment champignon
(le plus souvent muni d'un pied et d'un chapeau) n'est qu'une sorte de fruit,
plus exactement un sporophore (appareil portant les spores et permettant la
reproduction), particulièrement développé, le reste du champignon (le Mycélium) étant
souterrain et donc invisible. Mais il existe bien d'autres champignons tels que
les rouilles, les levures, les moisissures ou encore certains parasites de
l'homme. Leurs points communs sont exposés ci-dessous :
Sont
classés dans le règne des champignons tous les organismes remplissant les conditions
suivantes :
- Ils sont Eucaryotes
(organismes possédant des cellules munies d'un noyau).
- Ils sont Hétérotrophes
vis-à-vis du carbone, qu'ils doivent donc trouver dans leur environnement
immédiat.
- Ils se nourrissant par absorption.
Dans la nature, seulement 2% des "fungi" se nourrissant par
absorption. 98% ont recours à une symbiose entre les racines d'une plante
et le Mycélium (pas de racines).
Les racines de la plante produisent le glucose (du sucre) pour le
champignon, celui-ci ne sachant pas le produire lui même (manque de Chlorophylle).
Le Mycélium procure en retour
de l’eau et des sels minéraux inaccessibles aux racines de l’arbre.
- Ils développent un appareil végétatif
appelé Mycélium.
- Ils se reproduisent par des Spores.
- Ces spores sont non flagellées ou à un
seul flagelle.
- Ils ont une paroi cellulaire
chitineuse, ce qui les apparente plus aux animaux qu'aux végétaux, dont la
paroi est cellulosique.
La
classification actuelle des champignons distingue quatre divisions (ou
embranchements) :
·
Chytridiomycota, ou chytridiomycètes : espèces aquatiques
dont les spores portent un flagelle. On les considère comme les ancêtres de
tous les autres champignons. (Ex : Allomyces, champignon microscopique)
·
Zygomycota, ou zygomycètes : espèces à spores non flagellées dont
les cellules ne sont pas séparées par des cloisons. (Ex : Mucor,
moisissure de fromage)
·
Ascomycota, ou ascomycètes : les spores sont produites à l'intérieur
de sacs (les asques)
et sont projetées, à maturité, à l'extérieur par ouverture de l'asque.
(Ex : Truffes, Morilles, Levures…)
·
Basidiomycota, ou basidiomycètes : les spores se développent
à l'extrémité de cellules spécialisées (les Basides)
et sont dispersées par le vent à maturité. (Ex : Amanites, Bolets, Cèpes,
Pleurotes, …)
Le champignon est
un thallophyte, c'est-à-dire qu'il ne possède ni feuilles, ni tiges, ni
racines. Son appareil végétatif, ou Thalle,
est constitué de cellules allongées qui peuvent se présenter de deux façons:
- elles sont cloisonnées et articulées
entre elles, et sont alors appelées hyphes (c'est le cas le plus
fréquent);
- il n'y a pas de cloison les séparant
les unes des autres. On parle alors de structure coenocytique et de siphon.
On précisera que,
si la plupart des champignons sont pluricellulaires, il y a quand même des
exceptions notables : ainsi les levures sont unicellulaires. Lorsqu'on a
affaire à des hyphes, ceux-ci s'associent pour former des filaments constituant
le mycélium. Pour se reproduire, les champignons génèrent des cellules appelées
Spores. Au moment de la
reproduction, la plupart des champignons dits « supérieurs »
(classification aujourd'hui abandonnée) développent un appareil particulier
appelé sporophore. C'est ce sporophore, souvent constitué d'un pied et
d'un chapeau, que nous appelons communément champignon. Les champignons
« inférieurs » peuvent aussi produire des sporophores, mais ceux-ci
demeurent microscopiques.
5.2.1.2
METAZOAIRES
La partie des Métazoaires est traitée dans la classification
des animaux.
|
o Lignée verte o Algues rouges
o Ulvophytes o Embryophytes o Bryophytes o Euphylophites o Filicophytes o Spermaphytes o Pinophytes o
Angiospermes |
Voici un aperçu
des caractères partagés par les membres de la lignée verte:
- Présence de Chloroplaste(s)
à paroi fine contenu(s) dans une Vacuole particulière.
- Les Thylakoïdes
sont originellement séparés de manière équidistante entre eux.
- Les chloroplastes contiennent de la Chlorophylle
a.
- Les glucides sont stockés à l’extérieur du chloroplaste sous
forme d’amidon.
- L’ADN chloroplastique est situé au centre de l’Organite. Il est
circulaire.
- Les cellules flagellées sont toujours biflagellées (l’absence de flagelle
est considéré comme une perte secondaire).
- Les deux flagelles d’une cellule sont
toujours isochontes (de
structure identique, même s’ils sont de tailles différentes).
5.3.1.
LES ALGUES ROUGES
Les Algues rouges, ou rhodophytes
(Rhodophyta), sont un
grand groupe d'algues pour la plupart marines et pour la plupart
multicellulaires (fixées sur les rochers, les coquillages ou d'autres algues).
Elles sont caractérisées par une composition pigmentaire avec un seul type de Chlorophylle,
la chlorophylle a, des Caroténoïdes et
surtout des phycobiliprotéines qui donne la couleur rouge. Le chloroplaste peut
alors être appelé rhodoplaste. L’amidon est stocké sous forme de vésicules dans
le cytoplasme (et non dans le plaste comme chez les plantes et algues
vertes) : l'amidon floridéen. Les algues rouges sont caractérisées par
l’absence de cils et de flagelles, par un gamète mâle non-mobile. Leur
paroi pectocellulosique est source d’Agar (utilisé pour les milieux de culture
bactérienne) et de carraghénanes (stabilisants industriels, présents dans les
dentifrices, l'alimentation, les peintures…).
5.3.2.
LES CHLOROBIONTES
Les
Chlorobiontes
ou Viridiplantae sont les végétaux
verts, c'est-à-dire les Algues vertes et les Plantes terrestres.
5.3.2.1.
Les Ulvophytes
Les Ulvophytes, sont
une classe d'algues vertes unicellulaires ou pluricellulaires
formant des Thalles souvent de grande
taille, pouvant être filamenteux, en forme de feuilles de laitue (comme la
laitue de mer) ou plus complexes. Les Ulvophytes représentent sans doute l'état
ancestral des Chlorobiontes. Ils constituent l'essentiel de la biomasse
primaire dans les milieux littoraux riches en éléments nutritifs. Leur présence
de ce fait est un signe très visible d'Eutrophisation.
Elles sont responsables de l'essentiel de la
photosynthèse marine et sont donc à la base de tous les écosystèmes marins.
On trouvera des Ulves au bord de la mer car la pollution par les nitrates les a
multipliées. Toutes les algues filamenteuses d'eau douce appartiennent à ce
groupe.
5.3.2.2.
Les Embryophytes
Les
Embryophytes,
autrefois dénommées Cormophytes (« plantes à tige », du
latin cormus : tige ; du grec kormos, tronc) rassemblent
les plantes terrestres. Elles forment avec les Ulvophytes un groupe monophylétique.
Ce clade est représenté par des végétaux constitués de cellules sécrétant une
paroi cellulosique externe et effectuant des échanges gazeux avec le milieu
extérieur contrôlés par unStomate.
5.3.2.2.1.
Les Bryophytes
Parmi
les plantes
actuelles, les Bryophytes
sont celles qui ont conservé le plus de caractères des plantes ancestrales
ayant colonisé la terre ferme. Même si certaines structures anatomiques leur
permettent de résister à la Dessiccation, les
bryophytes sont encore extrêmement dépendantes des milieux humides. En effet,
les Bryophytes n'ont pas de tissu ligneux de soutien développé (comme les
fougères ou les plantes à fleurs). Cela implique qu'elles ont besoin d'humidité
ambiante car il n'y a pas chez elles de transport de l'eau qu'elles doivent
donc absorber par toute leur surface. Pris aux sens large le terme bryophyte
s'applique aux trois embranchements de plantes terrestres qui ne possèdent pas
de vrai système vasculaire (alors que l'embranchement des Bryophytes
ne concernait que les mousses) :
ü
Les
Hépatiques : Plante vivant généralement dans les régions chaudes et
humides, telle la marchantia. On distingue les hépatiques à feuilles et les
hépatiques à Thalles.
ü
Les
Anthocérotes : Ce groupe présente des caractères ambigus, à la fois
d'algues et de Fillicophytes et ne peut en aucun cas être considéré comme
faisant partie des Hépatiques
ü
Les
Mousses : Plante formée d'un tapis de courtes tiges feuillues serrées
l'une contre l'autre, vivant sur le sol, les arbres, les murs, les toits.
Elles sont
dépourvues de racines, leurs rhizoïdes permettent l'ancrage au substrat.
5.3.2.2.2.
Les Euphyllophytes
Les
caractères principaux des Euphyllophytes sont
l'existence de racines et la présence de vaisseaux pourvus d’anneaux de lignine
assurant la circulation de la sève brute, ainsi que de tiges portant des
feuilles arrangées en hélice.
5.3.2.2.2.1.
Les Filicophytes
Les Fougères
sont des végétaux vasculaires. Elles constituent
l'embranchement des Pteridophyta
stricto sensu, ou Filicophytes, qui comptent environ 11 000 espèces (le plus
grand embranchement végétal après les Angiospermes). On rencontre environ les
trois-quarts des espèces dans les régions tropicales et une bonne proportion de
ces fougères tropicales est Epiphyte.
Morphologiquement,
les fougères présentent une assez grande diversité. Certaines fougères
arborescentes dépassent 20m de haut mais leur Stipe
ne présente pas de croissance secondaire en épaisseur.
Les feuilles ont
une préfoliation circinée (en crosse).
5.3.2.2.2.2.
Les Spermatophytes
Les Spermatophytes sont les plantes qui
produisent des graines.
On retrouve dans la graine tous les
éléments condensés qui leur permettent de se reproduire. Simplement les
éléments de dissémination ne sont plus les spores issues du sporophyte mais
directement les Gamétophytes :
- Gamétophyte mâle immature sous
forme de grain de pollen.
- Gamétophyte femelle portant
après la fécondation un embryon, Gamétophyte lui-même
contenu dans les téguments du Mégasporange, l'ensemble
constituant une graine.
Parmi les
spermatophytes, certains ont des graines nues (embryon entouré de l'Albumen et d'un tissu de
protection). D'autres, développant en plus une double fécondation produisant
des tissus nourriciers supplémentaires, protègent leurs graines à l'intérieur
de l'ovaire qui donnera le fruit.
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Pinus nigra (cônes mâles) |
5.3.2.2.2.2.1.
Les
Pinophytes
Les
Pinophytes
(ou conifères), anciennement
connus sous le nom de Coniférophytes, ne
comprend qu'une classe : Pinopsida (classe de conifères qui compte
600-650 espèces). Elles sont caractérisées par des feuilles généralement
petites et toujours simples et par une croissance secondaire active de la tige
et de la racine. Beaucoup de membres de ce groupe se sont épanouis de la
période Carbonifère inférieure à l'âge Permien. Les conifères forment
de grandes et relativement pures forêts. Les exemples communs des conifères sont
les pins, les sapins, les séquoias, les cèdres, les genévriers, les cyprès, et
les mélèzes. Le bois des conifères est employé intensivement pour la
construction. La plupart des conifères sont monoiques, c'est-à-dire que les
cônes mâles et femelles sont produits sur le même arbre.
5.3.2.2.2.2.2.
Les Angiospermes
Les Angiospermes sont les plantes
à fleurs,
et donc les végétaux qui portent des fruits. Angiosperme
signifie « graine dans un récipient » en grec. On en dénombre
actuellement plus de 200 000 espèces réparties en 12 000 genres appartenant à
300 familles. On compte 165 000 Dicotylédones et 35 000 Monocotylédones.
Selon la
classification systématique, les Angiospermes forment un taxon considéré comme monophylétique.
Les angiospermes diffèrent des autres plantes à graines par la présence des
caractères suivants :
- la condensation des organes
reproducteurs en une fleur.
- la double fécondation (présence d'un ovaire enveloppant les ovules, et qui
se développera pour donner un fruit)
- la présence de bois
hétérogène (dit hétéroxylé).
Les angiospermes
se divisent en deux classes : Liliopsida ou monocotylédones et Magnoliopsida
ou dicotylédones.
De répartition
mondiale, les Angiospermes représentent la plus grande partie des espèces
végétales terrestres, avec plus de 220 000 espèces. Les Angiospermes dominent
le paysage naturel dans la majorité des biotopes
tropicaux ou tempérés, comme la savane ou la forêt.
Ils laissent la
place aux résineux (Pinophytes) et aux lichens dans
les biotopes les plus froids. Ils sont peu présents dans les milieux
aquatiques.
Les Angiospermes
ont des tailles de quelques millimètres à une centaine de mètres (eucalyptus).
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ü
Liliopsida :
Parmi
les angiospermes ou plantes à fleurs, la classe des monocotylédones (nom
scientifique Liliopsida) comprend des végétaux dont la plantule ne présente
qu'un seul Cotylédon sur l'embryon, qui
évolue en donnant une Préfeuille. Il existe
peu de formes Arborescentes de plantes
monocotylédones, à l'exception des palmiers. À ces particularités principales
s'ajoutent les caractéristiques suivantes :
- Tiges : pas de formation de bois
secondaire et absence d'un véritable tronc ; même si certaines
monocotylédones (palmiers) ont un port arborescent on ne rencontre pas
dans cette classe de vrais arbres. La tige ne croît pas en diamètre tout
au long de la vie de la plante.
- Feuilles : parfois pennées,
présentant des nervures principales parallèles.
- Fleurs : fondamentalement
trimères : 3 Sépales, 3 Pétales ,
2x3 Étamines,
3 Carpelles;
symétrie axiale d’ordre 3 dont on retrouve la trace même chez des fleurs
évoluées.
- les monocotylédones sont actuellement
divisées en 5 sous-classes, dont les caractéristiques sont présentées dans
le tableau suivant :
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|
ü
Magnoliopsida :
Les
Magnoliopsida, ou dicotylédones
présentent une plantule à deux Cotylédons,
ce qui les différencie des monocotylédones qui n'en présentent qu'un seul. Les
feuilles ont en général des nervures ramifiées. Les fleurs partagent avec
l'implantation des feuilles une symétrie d'ordre 4 ou 5. La fleur typique
présente 4 séries de pièces (Sépales, Pétales, Étamines et Carpelles). Dans la plupart des
espèces, la racine est de type pivotante.
C'est chez les dicotylédones que l'on observe, au
niveau des tiges, la présence de Cambium permettant la
formation de bois secondaire vers l'intérieur et de Liber vers l'extérieur. La racine est
habituellement pivotante.
Dans
la classification classique les dicotylédones sont divisées en 6 sous-classes
dont les caractéristiques sont présentées dans le tableau suivant :
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Les
Straménophiles (ou straménochromes) sont un groupe
hétérogène comprenant des diatomées et des algues brunes.
5.4.1.
LES DIATOMEES
Les
Diatomées sont des microalgues
unicellulaires planctoniques
des eaux douces et marines (de trois micromètres à un millimètre). Elles sont caractérisées
par un squelette externe siliceux (les thèques), formant la frustule, formée de
deux valves emboîtées à symétrie remarquable.
5.4.2.
LES ALGUES BRUNES
Les
Algues brunes,
aussi nommées Phaeophyceae
ou fucus, sont des algues qui utilisent comme
photopigment, de la Chlorophylle plus un pigment
brun. Il existe 1500 espèces d’algues brunes, elles représentent les algues les
plus abondantes des mers tempérées et froides.
5.5.
CLE DE DETERMINATION DES VEGETAUX
En cours d’élaboration…
Sources :
http://fr.wikipedia.org
http://perso.wanadoo.fr/plantescomtoises/
Albumen : tissu de réserve
embryonnaire de certains angiospermes. Lors de la double fécondation, un des gamètes
mâle va féconder les deux noyaux centraux pour former l'albumen.
Amylacé : Contenant de l’amidon.
Apomorphe : Une apomorphie, ou caractère apomorphique, désigne l'état dérivé d'un caractère
ancestral dans la séquence de transformations évolutives
de ce caractère. Par exemple, les quatre membres locomoteurs des Tétrapodes
constituent une apomorphie, c'est à dire un caractère dérivé des quatre nageoires
dont était pourvu l'ancêtre aquatique (un Sarcoptérygien
de ce groupe).
Appareil de
Golgi : L'appareil de Golgi est un organite
cellulaire constitué d'un ou plusieurs dictyosomes,
empilement de saccules membranaires. L'appareil de Golgi est le lieu où certaines protéines
sont modifiées après leur synthèse dans le réticulum au cours de la traduction des molécules d'ARNm. L'un des
rôles majeurs de l'appareil de Golgi
est lié à des phénoménes d' endocytose. Il est le point de passage obligé et régulateur du
trafic vasculaire. Il régule le nombre de vésicules
allant à la membrane et participe au renouvellement membranaire. Il entraîne
des modifications post-traductionnelles des protéines.
Arborescentes : Qui ont l’apparence d’un arbre.
Basides : En mycologie, on appelle baside la cellule reproductrice des champignons basidiomycètes, de forme généralement clavée. Les spores prenant naissance à l'extrémité d'une baside, et qui se détacheront ensuite d'elle, s'appellent basidiospores. Il y a généralement quatre spores par baside.
Cambium : Le cambium
est un tissu se trouvant dans les tiges et les racines des dicotylédones. C'est
un méristème secondaire (tissu biologique constitué de cellules indifférenciées
ou peu différenciées formant une zone de croissance où ont lieu les divisions
cellulaires de ces plantes),
Carbonifère : Le Carbonifère
est un système géologique s’étendant de 355 à 295 millions d’années avant note
ère.
Caroténoïdes : On regroupe sous le terme de caroténoïde les carotènes
et les xanthophylles.
Les caroténoïdes sont des pigments rouges, orange et jaunes répandus chez de
très nombreux organismes vivants. Chez les plantes, ce sont des pigments
accessoires de la photosynthèse; ils sont contenus dans les chloroplastes. Les
caroténoïdes sont synthétisés par toutes les plantes vertes et par de nombreux
champignons et bactéries.
Carpelles : éléments de la fleur
portant les ovules et formant, seuls ou soudé à d'autres, le pistil.
Chaton : Disposition des fleurs souple,
généralement pendante.
Chlorophylle : (composé à partir des racines grecques
χλωρός : vert et
φύλλον : feuille) La chlorophylle est le
pigment assimilateur principal des végétaux supérieurs. Ce pigment, situé dans
les chloroplastes des cellules végétales, intervient dans la photosynthèse pour
intercepter l'énergie lumineuse, première étape dans la conversion de cette
énergie en énergie chimique. La chlorophylle a existe chez tout
les végétaux et la chlorophylle b se trouve chez les végétaux supérieurs
et algues vertes. Deux autres variantes existent chez les algues brunes et les
algues rouges, respectivement les chlorophylles c et d.
Chloroplastes : Les chloroplastes sont des plastes
(organites cellulaires possédant un ADN propre) sensibles aux expositions des
différentes ondes
du spectre lumineux. Par l'intermédiaire de la chlorophylle
qu'ils possèdent et de leurs ultrastructures,
ces organites
sont capables de transférer l'énergie véhiculée par les photons à des
molécules chimiques (eau).
Le nombre de chloroplaste par cellule est génétiquement défini. Il a pour rôle
de faire la photosynthèse.
Clade : Un clade (du grec clados, qui signifie « branche ») est un taxon strictement monophylétique, c’est-à-dire une branche contenant un ancêtre et tous ses descendants.
Cladogramme : Un cladogramme
est un « arbre », un schéma illustrant la distribution des caractères
maximisant les hypothèses d’homologie. De ce fait, il peut être directement
interprété comme un arbre phylogénétique.
Cotylédons : Du grec Kotulêdôn, « creux d'une
coupe ». Les cotylédons
sont les feuilles primordiales constitutives de la graine chez les dicotylédones.
Ils sont chargés de divers types de réserves, protéines, lipides, et sucres.
Ces réserves qui se trouvent sous formes complexes, sont dégradées au cours de
la germination, par des enzymes. Les petites molécules issues de cette
dégradation sont transportées vers l'embryon, qui les utilise pour continuer
son cycle de développement. Les graines des plantes monocotylédones ont une
structure totalement différente de celle des dicotylédones. Les monocotylédones
semblent ne pas avoir une vraie feuille de réserve.
Cytosquelette : Le cytosquelette
est un réseau de fibres intracellulaires qui parcourt le cytoplasme.
Il permet le maintien de la structure de la cellule ou sa déformation (lors d'évenements
comme la migration cellulaire ou la mitose), l'ancrage aux cellules voisines,
la répartition des organites et le transport vésiculaire.
Dessiccation : La dessiccation
est l'opération consistant à éliminer l'eau de l'air ou plus généralement de
tout corps.
Endocytose : L'Endocytose
est le mécanisme de transports de grosses molécules vers l'intérieur de la
cellule. Terme issu du grec endon (dedans) et kutos (cellule).
L’endocytose a lieu quand une partie de la membrane entoure complètement une
particule ou une grosse molécule et la fait pénétrer dans une cellule.
Epiphyte : Les épiphytes
(du grec epi « sur » ;
phyto «plante», traduit littéralement
« à la surface de la plante ») sont des plantes poussant en se
servant d'autres plantes comme support. Il ne s'agit pas de plantes parasites
puisqu'elles ne prélèvent pas de nourriture sur leur hôte. Les épiphytes sont
des organismes autotrophes photosynthétiques, elles sont capables d'absorber
l'humidité de l'air et trouvent les sels minéraux dans l'humus (résidu noirâtre
provenant de la décomposition des déchets organiques et des cadavres des
végétaux et des animaux) qui peut se former à la base des branches.
Étamines : organe mâle de la fleur produisant le pollen. Les étamines
se composent d'une partie allongée (le filet) et d'une partie supérieure
renflée (l'anthère).
Eutrophisation : Originellement, l'eutrophisation d'un milieu aquatique,
tel que cours d'eau ou mares, désigne simplement son caractère eutrophe
(du grec eu : « bien, vrai » et trophein :
« nourrir »), c'est-à-dire riche en éléments nutritifs, sans
caractère négatif.
Gamétophytes : C’est le stade haploïde du cycle reproductif des plantes. Il
produit les gamètes de la plante. Chaque cellule du gamétophyte contient un
seul lot de chromosomes. Chez les Bryophytes (mousses), le gamétophyte
est constitué par l'axe feuillé, qui est la partie la plus visible de la
plante. Chez les Filicophytes
(fougères), le gamétophyte est le prothalle (petit corps laminaire issu de la
germination d'une spore). Chez les angiospermes, plantes à fleur, le
gamétophyte femelle est le sac embryonnaire, qui entoure l'ovule et le
gamétophyte mâle est réduit au grain de pollen.
Gamopétale : Corolle d'une seule pièce, dont les
pétales sont soudés entre eux.
Hétérotrophes :
L’hétérotrophie est la nécessité
pour un organisme vivant de se nourrir de constituants organiques préexistants
d'origine animale ou végétale. Un organisme hétérotrophe est en effet incapable
de produire sa propre matière organique à partir de matière minérale. La notion
d’hétérotrophie s’oppose à celle d’autotrophie.
Liber : Dans le tronc des végétaux à bois, l'assise
libéro-ligneuse (aussi appelée cambium) produit vers l'extérieur le liber
(chargé de transporter la sève élaborée) et vers l'intérieur le xylème ou bois
(chargé du transport de la sève brute).
Lysosomes : Les lysosomes
sont des organites
cellulaires présents dans le cytosol
de toutes les cellules d'eucaryotes. Ils contiennent des hydrolases
acides,
qui fonctionnent à un pH voisin de 4,8 maintenu par des pompes à protons et des canaux d'ions Cl. Ils sont formés dans l'appareil de
Golgi et chargés de la digestion
des molécules complexes .
Mégasporange : Cavité
ou sac renfermant les mégaspores, qui sont les grandes spores de certaines ptéridophytes donnant naissance au
gamétophyte femelle. Dans un sens général, la mégaspore est la cellule d'où le
sac embryonnaire des spermatophytes tire son origine.
Mitochondries : Les mitochondries
(du grec
mitos, fil et chondros, grain) sont des organites
(ou organelles) intra-cellulaires d'une taille de l'ordre du micromètre.
Leur rôle physiologique est primordial, puisque c'est dans les mitochondries
que les molécules organiques sont transformées en ATP, la source principale d'énergie pour
la cellule.
Monophylétiques : En systématique,
un taxon
est monophylétique quand il
regroupe exactement tous les descendants d'un même ancêtre. La présence de
caractères dérivés communs à différents taxons (appelés alors caractères
dérivés propres ou synapomorphies) permet de regrouper ceux-ci
sous un même nom, représentatif du caractère monophylétique du groupe. Par exemple, la présence d'un noyau dans les cellules des eucaryotes.
Mycélium : Le mycélium est un ensemble de filaments, plus ou moins ramifiés, appelés hyphes, formant la partie végétative d'un champignon. On peut par exemple le retrouver chez Sordaria macrospora.
Noyau : Le noyau
est un organite,
présent dans la majorité des cellules eucaryotes,
et contenant la plupart du matériel génétique
de la cellule. Il a deux fonctions principales : contrôler les réactions
chimiques du cytoplasme et stocker les informations nécessaire à la division cellulaire. Il a un diamètre variant
de 10 à 20 micromètres, ce qui fait de lui le plus grand des organites.
Organites : En biologie cellulaire, le terme organite désigne différentes
structures spécialisées contenues dans le cytoplasme
des cellules eucaryotes.
Parcimonies : La parcimonie
est un principe
consistant à n'utiliser que le minimum de changements évolutifs pour expliquer
des relations phylogéniques. Ainsi, lors du classement évolutif
de plusieurs espèces
selon plusieurs caractères (par exemple avec un arbre phylogénétique), on applique le
principe de parcimonie en cas de difficulté à déterminer quelles espèces sont
les plus proches : ce sont a priori celles qui présentent le moins
de caractères différents
Périanthe : Le périanthe est
l'ensemble des enveloppes qui assurent la protection des organes reproducteurs
de la fleur (étamine et pistil), il comprend les sépales et les pétales.
Permien : Le Permien est un système géologique qui s'étend de 299 à 251
millions d'années avant notre ère.
Peroxysomes : Un peroxysome
est un organite
cellulaire entouré par une membrane simple et ne contenant pas de matériel
génétique (ADN
ou ribosome).
Toutes les protéines
qui le constituent sont donc codées par des gènes
nucléaires et proviennent du cytosol.
Comme la mitochondrie, les peroxysomes sont des sites
essentiels pour l'utilisation du dioxygène. Ils utilisent de l'O2 et
du H2O2 lors de réactions d'oxydations.
Pétales : partie de la fleur
située entre les sépales et les organes reproducteurs. Les pétales composent la
corolle. Ils sont fixés au calice par un onglet.
Pétiole :(du latin petiolus : petit pied) désigne le
pédoncule d'une feuille, reliant le limbe (partie élargie et plate de la
feuille) à la tige. Le pétiole a la structure interne d'une tige. (Une feuille
sans pétiole, ou à pétiole très court, est dite sessile)
Phénotypiques : Relatif à l’ensemble des caractères observables, apparents, d'un individu, d'un organisme dus aux facteurs héréditaires (génotype) et aux modifications apportées par le milieu environnant.
Phylogénétique : Etude du processus relatif à la formation
et au développement des espèces vivantes au cours des temps.
Préfeuille : La première feuille d’un rameau.
Réticulum endoplasmique : le réticulum
endoplasmique, (du latin reticulum : "réseau"; et endoplasmique
: "à l'intérieur du cytoplasme") ou RE, est un organite
présent dans les cellules eucaryotes. Le RE modifie les protéines,
produit des macromolécules et transfère des substances vers
l'appareil de Golgi.
Sépales : chacune des pièces formant l’enveloppe
extérieure d'une fleur. Moins apparents que les pétales, les sépales sont
généralement de couleur verte ou brune. On les remarque surtout quand la fleur
est en bouton.
Spores : Une spore est corpuscule unicellulaire ou
pluricellulaire pouvant donner naissance sans fécondation à un nouvel individu.
Stipe : Tige ligneuse non ramifiée recouverte par les cicatrices des
feuilles, comme les palmiers ou les fougères arborescentes.
Stomate : Un stomate est un orifice de petite taille présent dans l'épiderme des organes aériens des végétaux (sur la face inférieure des feuilles le plus souvent). Il permet les échanges gazeux entre la plante et l'air ambiant (dioxygène, dioxyde de carbone, vapeur d'eau...) et permet la régulation de la pression osmotique.
Synapomorphies : Un caractère
synapomorphique, ou synapomorphie
(du grec
συν, "commun", απο, "dérivé
de" et μορφος, "forme"), est un
caractère dérivé (ou apomorphique), partagé par deux ou plusieurs taxons. Tous les organismes
vivants présentant des caractères synapomorphiques peuvent être
regroupés dans un même ensemble : par exemple l'existence de plumes
et la transformation des clavicules en une fourchette sont des caractères synapomorphiques
des oiseaux.
Taxons : Dans le domaine de la systématique
du vivant, un taxon est simplement un groupe à un
niveau quelconque de catégorie dans une classification hiérarchique (taxonomie).
Dans la classification traditionnelle, chaque taxon appartient à un niveau
hiérarchique, espèce, genre, famille, ordre, etc. Les taxons d'un niveau donné
ont un degré de ressemblance élevé (car ils partagent un certain nombre de
gènes). Ce degré de ressemblance diminue pour les taxons de rang
supérieur ; il augmente pour les taxons de rang inférieur. L'espèce
constitue le taxon de base de la classification systématique.
Thalles : On appelle thalle l'appareil végétatif des
végétaux inférieurs (algues, mousses...) et des champignons. Le thalle est
constitué d'un tissu végétal indifférencié, sans tissu vasculaire.
Thylakoïdes : du grec thylakos,
sac, et oides, semblable, structure membranaire sacciforme des chloroplastes
des Eucaryotes; dans les chloroplastes, les piles de thylakoïdes forment des
grana; les chlorophylles se trouvent dans les thylakoïdes.
Vacuoles : Une vacuole
(du latin
vaccuus, vide) est un organite cellulaire délimité par une simple membrane. Selon le contenu et le rôle de la
vacuole on peut distinguer:
- La vacuole de condensation,
présente chez certaines cellules sécrétrices (comme les
cellules de pancréas).
- La vacuole centrale des
cellules végétales et des champignons. Elle a une fonction homéostatique,
assurant la turgescence cellulaire, et sa membrane, le
tonoplaste, possède des pompes ioniques. Elle contient de l'eau, des glucides,
des ions inorganiques et des pigments. Certaines vacuoles centrales
sont également des sites d'accumulation de réserves ou de substances
particulières, parfois toxiques (latex, opium...).
- La vacuole contractile présente
chez certains Eucaryotes unicellulaires vivant en eau
douce.
- La vacuole de phagocytose se
rencontre chez les unicellulaires se nourrissant par invagination de le membrane plasmique autour d'une proie
Vivant : Qui est constitué de cellules.