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Les signes naturels puisqu'ils sont des signes, présupposent une connexion entre le signe qui représente et un certain objet qui est représenté. Cependant cette connexion est établie par la nature sans la moindre intervention humaine; elle se situe donc dans le monde physique, exclusivement et l'interprète ne fait que constater ce fait. Or dans notre conception du signe nous avons donné à cette connexion valeur d'institution. Il faut donc , afin de justifier notre prétention à édifier une sémiotique générale, que les signes naturels puissent être incorporés dans la conception générale énoncée et pour celà il faut les analyser de façon plus précise.
Pour commencer il ne faut pas se laisser aveugler par les exemples d'école (fumée/feu, nuage/pluie) dont le caractère d'évidence masque la complexité des rapports réels entre les deux termes, le savoir empirique de chacun permettant de faire l'économie du savoir scientifique. Le problème est tout autre si l'on considère le couple marée/lune, car voir dans la marée un signe de la lune présuppose une connaissance des lois de la gravitation qui n'est pas donnée dans l'expérience ordinaire.
Pourtant la connexion entre la marée et la lune vaut bien celle qui existe entre un nuage noir et l'imminence de la pluie. Or pour ce qui est des marées, il est bien connu qu'elles n'ont pas toujours été attribuées à l'influence de la lune, ce qui signifie que la notion de signe naturel est étroitement liée à l'état de la science au moment de l'interprétation et donc au rapport que l'interprète entretient avec la science de son temps. On peut donc considérer que, au delà de la généralisation spontanée effectuée par les acteurs sociaux dans les domaines les plus prosaïques de leur expérience quotidienne, c'est en fait la communauté scientifique d'une époque déterminé qui garantit la réalité de connexions qui caractérisent les signes naturels. A ce titre, cette communauté peut être considérée comme productrice de ces signes, ce qui permet de les réintegrer dans le droit commun avec la particularité qu'une communauté est substituée à une personne dans le signe dual. Cela reviendra à considérer le savoir scientifique comme un faisceau d'institutions reliant les phénomènes naturels à certains objets par un rapport de causalité au sein de théories ayant pour fonction de décrire les phénoménologies observées. Dès lors, rien n'interdit plus de définir les phénomènes sémiotiques dans le champ de la communication puisque dans tous les cas nous aurons à évaluer et à formaliser la position d'un interprète vis à vis d'une institution sociale connectant représentant et représenté, signe et objet. Le cas des signes naturels se distinguera alors seulement par le fait que le producteur virtuel est l'institution elle-même.
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