LE SYNDICAT :

Avec le crash de Roswell en 1947, le gouvernement Américain a eu la preuve de l'existence des extraterrestres. Un groupe d'hommes du Département d'État s'est alors vu confier la mission de mettre au point des démentis plausibles pour empêcher que la population apprenne la vérité. Ces hommes sont à peu près ce qui constitue l'actuel Syndicat. Il y a là L'Homme à la Cigarette, William Mulder, Gorge Profonde et les autres Doyens (Elders).
Mais, au fil du temps, ce groupe d'homme prend son indépendance. Il finit par entrer secrètement en contact avec les extraterrestres. Ils votent alors l'indépendance de leur groupe vis-à-vis de toute institution gouvernementale. Le Syndicat est né, ces hommes ont choisi de confisquer la Démocratie... Nous avons appris dans le Film qu'un homme les dirige : Conrad Strughold.

LE PROJET DE COLLABORATION :

L'accord passé avec les extraterrestres est le suivant :
Plus tard, les aliens envahiront la Terre en contaminant les formes de vie avec l'Huile Noire. Le Syndicat va aider les préparatifs de cette invasion/contamination (par exemple par la mise au point des abeilles, etc., etc.). En échange ils se verront offrir le droit de survivre consciemment (c'est à dire sans être contaminés et contrôlés par l'Huile Noire). C'est le deuxième volet du Projet. Ils doivent mettre au point une thérapie génique d'hybridation qui sera utilisée pour créer une nouvelle race, à priori destinée à l'esclavage. Ces hybrides sont immunisés contre la contamination. C'est donc en étant eux-mêmes hybridés que les hommes du Syndicat pourront être sauvés. Pour que ces recherches puissent être menées, les aliens offrent au Syndicat un fœtus qui leur donnera accès au matériel génétique extraterrestre.

UNE GARANTIE :

En contre-partie, les aliens demandent aux hommes du Syndicat de livrer chacun un membre de leur famille. Ces personnes verront leur matériel génétique prélevé et seront "enlevables" à volonté par les extraterrestres. C'est-à-dire qu'ils ne seront pas enlevés en permanence, mais enlevés puis rendus sans cesse. C'est ce qu'a vécu Cassandra Spender, ex-femme de l'Homme à la Cigarette, alias C.G.B. Spender, et mère de leur fils : Jeffrey Spender.

SAMANTHA MULDER :

C'est en tant que membre de la famille de William Mulder que Samantha a été enlevée la même nuit que les autres, le 27 novembre 1973. Mais Bill Mulder ayant refusé cet enlèvement, il n'est pas allé au rendez-vous à la base aérienne où a eu lieu le contact. C'est pourquoi Samantha a été enlevée "à domicile".
Une question subsiste : puisque tous les autres enlevés ont été rendus, Samantha a du l'être aussi. Qu'est-elle devenue ? La question sera résolue dans 7X11 Closure.
En tout cas, ce n'est pas la femme que Mulder a vue chez ses parents dans 2X16 Colony ni celle qui était avec l'Homme à la Cigarette dans 5X02 Redux II : celle-là n'était qu'un clone hybride destiné à manipuler Mulder. Cassandra Spender prétend que Samantha est actuellement avec les extraterrestres...

LE MENSONGE :

Mais les extraterrestres, comme on l'a vu dans le Film, ont menti sur les propriétés réelles de l'Huile Noire. Elle ne permet pas uniquement de contrôler un individu. Elle peut utiliser son organisme à des fins nutritives pour engendrer un Gris. La découverte que le but des aliens n'est pas une mise en esclavage de la race Humaine, mais un "repeuplement spontané", pour reprendre les mots de L'Homme Bien Manucuré, a quelques conséquences au sein du Syndicat qui se fissure un peu plus entre ceux qui veulent continuer à collaborer et ceux qui envisagent l'association avec la Résistance...

LE PROJET DE RESISTANCE :

C'est le Projet initié par Bill Mulder. Il s'agit d'utiliser le matériel génétique du fœtus pour mettre au point un Vaccin contre l'Huile Noire, un moyen de sauver le monde entier de la contamination.
A ce moment de la série (après le film), un Vaccin existe mais il est faible et ne peut pas être utilisé comme moyen de protection global de la population. Son efficacité sur le long terme est en plus douteuse.

CASSANDRA SPENDER : Elle est le premier hybride réussi à avoir été mis au point par thérapie génique après 25 ans de travail. Si elle est remise au aliens, ils lanceront le processus de colonisation/contamination. Les Rebelles ont l'intention de l'utiliser pour exposer le Syndicat, d'une part, et pour une autre raison mystérieuse. En effet, ils l'enlèvent à la fin de 6X12 One Son. On ignore dans quel but.

ALEX KRYCEK :

Krycek a maintenu après 5X13 Patient X sa collaboration avec le Syndicat. Il se donne les apparences du plus fervent des supporters de la collaboration, et du parfait sbire de l'Homme à la Cigarette. En vérité il poursuit des buts personnels. Le fait qu'il ne soit pas au rendez-vous à la base aérienne implique qu'il était au courant de ce qui allait s'y passer et donc qu'il a continué sur le chemin de Patient X, c'est-à-dire qu'il collabore avec les Rebelles sans Visages. Néanmoins ceux-ci semblent le trahir en volant de fœtus Alien... Krycek a également l'occasion ici de croiser à nouveau le chemin de son ancienne collaboratrice, Marita Covarrubias. Mais il s'en soucie bien peu à ce moment. Covarrubias, depuis sa traîtrise (Patient X, encore) est utilisée comme cobaye dans les expériences de recherche d'un Vaccin contre l'Huile Noire.