Les allemands installèrent dans le fort intérieur des dépôts de munitions afin de les mettre à l'abri d'éventuelles attaques aériennes. En 1944, les munitions explosèrent, détruisant une grande partie des constructions et au Pont Transbordeur.

Le Fort Saint Jean s'ouvre au grand public avec la programmation d'expositions du Musée des Civilisations de l'Europe et de la Méditerranée (MUCEM) dont le chantier s'achèvera en 2011.

Ce projet phare de 15 000 m2, à la jonction du Vieux-Port et du port industriel et commercial, revêt dans la politique de développement et de mise en valeur de l'axe littoral et de la Cité de la Méditerranée.

Le Mucem comportera 5 niveaux.
L'aspect écologique a été soigneusement étudié : l'eau de mer, puisée à 7 mètres de profondeur, rafraîchira l'édifice en été et le préchauffera en hiver.
Il se serviront aussi de l'énergie solaire pour produire l'eau chaude sanitaire et l'éclairage domestique du musée, un atout stratégique essentiel.


Parallèlement, un bâtiment de 10 000 m2 devrait être érigé dans le secteur de la Belle de Mai pour accueillir les réserves des collections du Mucem.